在植物学上，银杏属裸子植物，雌、雄花应称为孢子囊、小孢子叶球；没有果实，应为种子。
雌雄花均着生在短枝上，都没有花萼、花瓣，均为绿色，与叶同时展开。
雌花，具一长柄，上载一对胚珠，形似火柴梗。单生于短枝顶端，与叶成螺旋状排列，一般 2 ～ 4 朵，最多达 8 朵。不同地区的雌花生长习性不一样，物候期可相差 25 天左右。据 1981 年在泰兴市宣堡镇崇西村定树观察： 3 月 20 日芽萌动， 4 月 12 日展叶，出现雌花， 4 月 23 日雌花吐“性水”，可授粉， 4 月 29 日至 5 月 1 日，珠孔渐小而干涸，为终花期， 5 月 1 日起开始落花。授粉后 4 ～ 5 个月才受精。
雄花为下垂的柔荑花序状结构，其实是一朵花。每一短枝上着生 3 ～ 8 朵，每朵花有 30 ～ 50 枚雄蕊，每一枚雄蕊有一长 1 ～ 2mm 的柄，上有一对长形花药。花药极小，长约 2.60 ～ 3.64mm ，每一个花药中含花粉粒 1500 ～ 1900 粒，这样一朵花中就含有几万粒花粉粒（人工授粉时要千万控制雄花用量，防止重载）。花药成熟时开裂，散出花粉，花粉粒黄色，细小，随风飘扬，在自然界，花粉靠风传播授粉。干燥花粉的生命力，在常温下可维持 15 天以上（时间越长，效果越差），在 0 ℃左右冷藏，可保持更长时间。在同一地区、同一品种的雄花成熟期比雌花早 2 ～ 5 天，雄株花期为 7 ～ 10 天，雌株略长。